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Spoiler:
Axel Twars, un membre des unités alpha est envoyé chez les fahrts pour espionner et essayer de faire tomber le système de l’intérieur. Une fois arrivé, il est directement mis en examen pour être soupçonner d'être exterminateur, il est libéré quelques heures plus tard après que les fahrts aient trouvé un autre exterminateur. (Leurs sources indiquaient qu'un seul exterminateur devrait rentrer dans la cité)
Une fois sorti, Axel fait la connaissance de plusieurs personnes pour la plupart faisant partie de la BSD ( bureau secrets de Danascar) Qu'il intègre après une mission d'entrainement où il rencontrera deux Exs.( Les Exs sont les espions exterminateurs ayant rompu leurs services avec les exterminateurs pendant leurs missions d'espionnage)
Pendant ce temps-là, Maddy twars, la soeur de Axel Twars, fait connaissance avec des junkies exterminateurs croyant en Helghane et pratiquant leurs croyance à fond: inspiration d' Helghanis.
L'Helghanis est une substance aqueuse volatile pouvant donner plusieurs symptômes différents à leurs utilisateurs selon leur capacité: voyance/ force accrue/ vision modifié/ etc...
Maddy décide d'accompagner ces personnes dans leur pèlerinage vers la cité Fahrt. Puisque là bas est toléré la croyance en Helghane contrairement aux forces exterminateurs.
Axel Twars parvient pendant ce temps à s'introduire dans la compagnie des metalleux ( escouade d'intervention de danascar) en y rencontrant directement Danascar, l'ancienne reine exterminatrice après la prise de pouvoir illicite et secrète de Atwars. Elle s'est marié par la suite au roi Fahrt et devint ainsi la reine des fahrts, peuple désormais appelé Danascariens.
Néanmoins Danascar sait qui se cache derrière Axel Twars et le dénonce alors à tout les services publics de sécurité Danascariens.
Axel se fait alors repêcher par les Exs qu'il va rejoindre pour tenter de stopper l'arrivée de la guerre entre les deux grandes nations.
Au même instant les spartiates trahissent le conseil des quatre qui réunissaient les elfes, les nains, les exterminateurs et eux même en attaquant Fahren une ville des exterminateurs. La revanche ne se fait pas attendre, Atwars le roi des Exterminateurs ordonnent à son sniper d'éliminer Cressi, la femme de Leonidas (le roi de Sparte), ainsi que la soeur de Leonidas: Leonie.
Pour le fait que les elfes n'aident pas les exterminateurs dans la guerre, Atwars déclarent la guerre aux elfes et organisent un génocide des exterminateurs junkies sur les terres elfique ainsi que l'armée Elfique.
Maddy s'est fait attraper sur les terres elfiques et se voit épargner du fait qu'elle est l'ancienne fiancée du Petit Prince exterminateur et la soeur d'Axel.
En parallèle à ces évènements, Un escadron entier de l'EIU était en stationnement dans l'atmosphère d'Omega pour préparer l'invasion de cette planète. Elle est commandé par Thane qui rendit visite à la reine des Shiktoras Luna, ( shiktoras est un peuple de Omega ) Cette dernière serait la mère des enfants du Roi de l'EIU.
Elle se fit assassiner plus tard sur ordres du roi lui même. Suivi alors une attaque du vaisseau de Thane par un ennemi inconnu qui semblerait être des Shiktoras mais rien ne le prouve.
Le vaisseau est vite endommagé et est sur le point de se crasher.
Retour sur Axel avec les Exs, dont le territoire se fait attaquer par les troupes Fahrts. Puis il y a une mission de récupération dans le bâtiment de la garde Républicaine pour récupérer plusieurs Exs.
Dans ce bâtiment, Les exs se font trahir par l'un des leurs nommé Hemco qui est sous les ordres du Roi fahrt et explique alors le plan d'une arme de destruction massive.
Axel et les Exs ne peuvent l’arrêter mais ils parvinrent à récupérer leurs amis dont un nommé Maestro s'enfuit du batiment par ses propres moyens.
Au vu des plans du Roi fahrt, les exs doivent sauver à la fois Danascar, Atwars et Leonidas pour éviter une tyrannie du roi Fahrt.
Leonidas s'est fait touché par l'ADM mais en est resté indemme, il se fait reprendre par les Exs. Atwars se fait trahir par Rikku qui garde l'avertissement pour elle, en feintant un problème dans les ressources ailleurs.
Et les Exs ne peuvent arriver à temps pour sauver Danascar dont le bateau explose sous leurs yeux. Les exs recroiseront Maestro à ce moment.
En vient ensuite la conclusion où finalement Atwars a réussi à s'échapper du bombardement et récupère à l'aide d'un Ex le pouvoir chez les exterminateurs. Plusieurs exs tentent de stopper l'avancée des troupes fahrts. Et Maestro et Axel vont sécuriser le territoire céleste des Shiktoras.
Où ils feront la connaissance du fantôme Luna, la reine des Shiktoras qui leur annoncent que seul l'un d'eux est l'un des trois fils en vie du roi de l'EIU. Seul lui peut activer une balise. Dans le cas contraire, malheur à celui qui voulait l'activer. Axel ayant été adopté appuya sur la balise, l'opération échoua, il se fut éjecter à plusieurs mètres sous d'atroces souffrances et subira la malédiction des Shiktoras. Maestro, blessé à ce moment, activera la balise, qui activera une explosion 5 minutes plus tard et la résurrection de Luna.
Axel se fera récupérer par Atwars 30 secondes avant l'explosion.
1h plus tard, le vaisseau de Thane s'écrase.
Et Maestro accompagné de Luna se fera téléporter directement dans le palais présidentiel de l'EIU.